Die Einbeziehung der aus Nahrungsmittelpflanzen gewonnenen Biokraftstoffe bei der Erreichung des in der Richtlinie über erneuerbare Energien vorgesehenen Anteils der erneuerbaren Energien von 10 Prozent wird demnach auf 5 Prozent begrenzt. Dadurch solle die Entwicklung alternativer sogenannter Biokraftstoffe der zweiten Generation auf Non-Food-Basis gefördert werden. Diese würden beispielsweise aus Abfall oder Stroh gewonnen, verursachten erheblich geringere Mengen an Treibhausgasemissionen als fossile Kraftstoffe und hätten keine direkten Auswirkungen auf die globale Nahrungsmittelproduktion. Zum ersten Mal sollen bei der Bewertung der Treibhausgasbilanz von Biokraftstoffen auch die geschätzten Folgen der globalen Landnutzungsänderungen (Indirekte Landnutzungsänderung − ILUC) berücksichtigt werden.
Dazu Energiekommissar Günther Oettinger: „Dieser Vorschlag wird neue Anreize für Biokraftstoffe mit optimaler Klimabilanz setzen. In Zukunft werden Biokraftstoffe stärker zur Verringerung der Treibhausgasemissionen und zur Senkung unserer Importkosten beitragen.” Klimakommissarin Connie Hedegaard fügte hinzu: „Wenn Biokraftstoffe zur Bekämpfung des Klimawandels beitragen sollen, müssen sie sich durch Nachhaltigkeit auszeichnen. Wir müssen in Biokraftstoffe investieren, die echte Emissionsverringerungen ermöglichen und nicht mit Nahrungsmitteln konkurrieren. Natürlich wollen wir damit nicht die Biokraftstoffe der ersten Generation abschaffen, aber wir senden ein klares Signal aus, dass Steigerungen des Anteils an Biokraftstoffen in Zukunft durch fortschrittliche Biokraftstoffe erzielt werden müssen. Alles andere wäre nicht nachhaltig.“
Mit der Expansion des Marktes für Biokraftstoffe hat sich laut EU-Kommission herausgestellt, dass nicht alle Biokraftstoffe bezüglich ihrer Treibhausgasauswirkungen aufgrund der globalen Landnutzung die gleichen Merkmale aufweisen. Aktuelle wissenschaftliche Studien hätten ergeben, dass bei Berücksichtigung der indirekten Landnutzungsänderungen, das heißt, wenn aufgrund der Herstellung von Biokraftstoffen zum Beispiel die Produktion von Nahrungs- oder Futtermitteln auf zuvor nicht agrarisch genutzte Flächen wie Wälder verlagert werde, einige Biokraftstoffe sogar ebenso hohe Treibhausgasemissionen verursachen würden wie die fossilen Kraftstoffe, die sie ersetzen sollen.
Die EU-Kommission schlägt unter anderem vor, Marktanreize für Biokraftstoffe ohne oder mit nur geringen Emissionen aufgrund indirekter Landnutzungsänderungen, und insbesondere für die zweite und dritte Generation von Biokraftstoffen, deren Ausgangsstoffe nicht zu einem zusätzlichen Flächenbedarf führen, einschließlich Algen, Stroh und verschiedene Abfallarten, da diese effektiver zur Erreichung des Ziels der Richtlinie über erneuerbare Energien beitragen werden, den Anteil der erneuerbaren Energien im Verkehrssektor auf 10 Prozent zu steigern.