Grundsätzlich begrüßt der Bundesrat den Richtlinienvorschlag der Kommission, es gäbe allerdings noch Verbesserungsbedarf. Neben dem Hinweis, dass zusätzliche Bürokratie vermieden werden solle, sehen die Politiker vor allem bei den Regelungen zur Deponierung Verbesserungsbedarf.
So sei es problematisch, dass die Beschränkung der Deponierung sich nur auf getrennt gesammelte Abfälle beziehe. Hier sollten auch gemischte Abfälle mit einbezogen werden. Auch die vorgesehene Quote von 10 Prozent für die Deponierung wird vom Bundesrat zumindest infrage gestellt. Die Bundesregierung solle prüfen, ob die Quote „sachgerecht“ sei, zudem müsse „die vorgesehene Quotenregelung mit wesentlichen abfallwirtschaftlichen Gesichtspunkten (Schadstoffausschleusung, Entsorgungssicherheit bei nicht behandelbaren Abfällen, gegebenenfalls fehlende Verwertungsmöglichkeiten) in Einklang“ gebracht werden.
Die vorgesehene First bis 2030 kritisierte der Bundesrat als „zu wenig ambitioniert“. Darüber hinaus sieht der Bundesrat keine Notwendigkeit für einen Prüfauftrag an die Kommission zur Mengenbegrenzung „anderer Abfälle als Siedlungsabfälle auf Deponien“. Die Berichtspflicht über die „Durchführung der Deponierichtlinie“ solle zudem bei drei Jahren verbleiben und nicht wie vorgesehen auf eine jährliche Berichtspflicht umgestellt werden.
Aber auch bei der Richtlinie für Verpackungsabfälle würde der Bundesrat gerne einige Veränderungen sehen. So solle sich die Bundesregierung dafür einsetzen, „dass auf nationaler Ebene die unmittelbare Kennzeichnung von Verpackungen als Einweg- oder Mehrwegverpackungen rechtssicher ermöglicht wird“. Zudem vermisst der Bundesrat im Vorschlag der Kommission „Impulse zum Aufbau der Recyclingnetze in Europa“.
Die vorgesehenen Quoten sollen auf ihre praktische Umsetzbarkeit geprüft werden, vor allem bei Holz. Außerdem sollen nach Vorstellung des Bundesrates „die Festlegung von maximalen Konzentrationswerten in bestimmten Verpackungen nicht mittels delegierter Rechtsakte vorgenommen werden“.