Der kombinierte Verkehr mit Containern wurde laut Destatis 2009 von der Finanz- und Wirtschaftskrise besonders stark getroffen. Der Rückgang fiel noch höher aus als die bereits erhebliche Abnahme des Gesamtverkehrs mit Eisenbahnen und Schiffen (- 17 Prozent auf 780 Millionen Tonnen). Damit sank der Anteil des Containerverkehrs am Gesamtverkehr dieser Verkehrsträger um einen Prozentpunkt auf 21 Prozent.
Die stärksten Verluste verbuchte den Destatis-Angaben zufolge der Containerverkehr über See (- 24 Prozent). Hier war der Rückgang höher als die Abnahme des Seeverkehrs insgesamt (- 17 Prozent). Im Eisenbahnverkehr entwickelten sich Containerverkehr und Gesamtverkehr mit Rückgängen von 16 Prozent parallel. In der Binnenschifffahrt konnte sich der kombinierte Verkehr besser behaupten als der Binnenschiffsverkehr insgesamt: Während der kombinierte Verkehr nur um 8 Prozent abnahm, insbesondere aufgrund der Erholung zum Jahresende, sank der Gesamtverkehr um 17 Prozent.
Im kombinierten Verkehr übernehmen Eisenbahnen und Schiffe den Ferntransport von Gütern in Containern, Lastkraftwagen dagegen sammeln oder verteilen diese weiter. Der Transport auf Schienen und Wasserwegen ist daher für die Entwicklung des kombinierten Verkehrs von entscheidender Bedeutung.