In einem Sondergutachten vom Juli 2007 merkte der SRU an, dass eine 10-Prozentquote nur zum Preis sehr hoher Treibhausgasvermeidungskosten zu erreichen ist und unerwünschte Nebenwirkungen auf den Naturhaushalt und die biologische Vielfalt haben kann. Die Erreichung der Agrokraftstoffziele wird nach Einschätzung des SRU im Widerspruch zu glaubwürdig strengen Nachhaltigkeitskriterien geraten.
In seinem Sondergutachten hatte der SRU eine Kurskorrektur in der nationalen und europäischen Biomasseförderung gefordert. Diese solle verstärkt auf den Klimaschutz ausgerichtet werden. Es sei erforderlich, die überambitionierten Ausbauziele für Biokraftstoffe nach unten zu korrigieren und den Biomasseeinsatz in der Kraftwärmekoppelung und der Stromerzeugung auszubauen. Als Ziel gebe die Richtlinie vor, den Anteil der erneuerbaren Energien am Primärenergieverbrauch bis 2020 auf 20 Prozent zu steigern. Dieser Ausbau müsse durch eine flankierende nationale und internationale Umweltpolitik in einem umweltverträglichen Rahmen gehalten werden. Mittelfristig empfehle der SRU die technologieorientierte und nach Verwendungen segmentierte Biomasseförderung im Rahmen eines reformierten und sektorübergreifenden Treibhausgasemissionshandels zu betreiben.
