Zu den biologischen Abfällen zählen Biotonnematerial, Grünabfälle, Küchen- und Kantinenabfälle. 75 % dieser getrennt gesammelten Abfälle werden in Österreich kompostiert, 25 % in Biogasanlagen behandelt. Hier orten die ExpertInnen Handlungsbedarf: Von den Bioabfällen, die kompostiert werden, ist ein relevanter Teil gut für die Vergärung in Biogasanlagen, also die Behandlung unter Ausschluss von Sauerstoff, geeignet. Das Umweltbundesamt empfiehlt daher, geeignete Abfälle bevorzugt zu vergären, um ihren Energieinhalt besser zu nutzen.
Im Jahr 2010 wurden 17 % des anfallenden kommunalen Klärschlamms in der Land-wirtschaft eingesetzt. 43 % des Klärschlamms wurden verbrannt, wobei der darin enthaltene Phosphor derzeit un¬wiederbringlich verloren geht. Um dem entgegenzuwirken, empfiehlt das Umweltbundesamt, dass Klärschlamm künftig nur in Monoverbrennungsanlagen thermisch verwertet werden und die anfallenden Aschen getrennt von anderen Abfällen abgelagert werden. Dies ermöglicht eine spätere Rückgewinnung des Phosphors. Zusätzlich soll die direkte Aufbringung von Klärschlamm in der Landwirtschaft bei Einhaltung definierter Qualitätskriterien weiterhin möglich sein.
Tiermehl wurde im Jahr 2012 zu 23 % thermisch behandelt (in Zementwerken, in Kraft-werken, in Wirbelschicht- und Drehrohröfen), 17 % wurden als Düngemittel eingesetzt, 1 % als Tierfutter und 58 % wurden exportiert. Um die Nährstoffe aus Tiermehl bestmöglich nutzen zu können, empfiehlt das Umweltbundesamtes auch hier eine Verwertung in Monoverbrennungsanlagen. Dadurch kann die phosphorhaltige Asche unvermischt und getrennt von anderen Abfällen rückholbar abgelagert werden.